Perbezaan kreatif yang timbul dari karyanya dengan Douglas dan studio filem, yang tidak menyukai Hollywood, dan kebimbangan yang semakin meningkat mengenai jenayah di Amerika mendorong Kubrick untuk pindah ke United Kingdom pada 1961, di mana dia menghabiskan sebagian besar sisa hidup dan kerjayanya. Rumahnya di Childwickbury Manor di Hertfordshire, yang dikongsi bersama dengan isterinya Christiane, menjadi tempat kerjanya, di mana beliau membuat penulisan, penyelidikan, penyuntingan dan pengurusan butiran pengeluarannya. Ini membolehkan beliau mempunyai kawalan seni yang hampir lengkap ke atas filem-filemnya, tetapi dengan kelebihan yang jarang mendapat sokongan kewangan daripada studio Hollywood utama. Produksi pertamanya di Britain adalah dua filem dengan Peter Sellers, Lolita (1962) dan Dr. Strangelove (1964).

Kubrick mengambil alih kawalan ke atas kebanyakan aspek proses pembuatan filem, dari arah dan menulis ke pengeditan, dan mengambil perhatian dengan teliti dengan menyelidik filem dan adegan pementasannya, bekerja dalam koordinasi yang rapat dengan pelakon dan kolaborator lain. Dia sering meminta beberapa penarikan balik adegan yang sama dalam filem, yang menyebabkan banyak percanggahan dengan pelakonnya. Walaupun ketakutan yang terhasil di kalangan pelakon, banyak filem Kubrick memecahkan asas baru dalam sinematografi. Realisme saintifik dan kesan khas inovatif dari 2001: A Space Odyssey (1968) tidak mempunyai duluan dalam sejarah pawagam, dan filem itu menjadikannya satu-satunya Oscar peribadi, untuk Kesan Visual Terbaik. Steven Spielberg telah merujuk kepada filem itu sebagai "big bang" generasi, dan ia dianggap sebagai salah satu filem paling hebat yang pernah dibuat. Untuk filem tempoh abad ke-18 Barry Lyndon (1975), Kubrick memperoleh kanta yang dikembangkan oleh Zeiss untuk NASA, untuk filem adegan di bawah cahaya lilin semulajadi. Dengan The Shining (1980), beliau menjadi salah seorang pengarah pertama untuk menggunakan Steadicam untuk mendapatkan gambar pengesanan yang stabil dan cecair. Walaupun banyak filem Kubrick yang kontroversi dan pada mulanya menerima ulasan bercampur-campur apabila dikeluarkan - terutamanya A Clockwork Orange (1971), Kubrick ditarik dari edaran di UK berikutan kegilaan media massa-kebanyakan telah dicalonkan untuk Oscar, Golden Globe, atau BAFTA, dan menjalani penilaian semula kritikal. Filem terakhirnya, [Eyes Wide Shut]], disiapkan tidak lama sebelum kematiannya pada tahun 1999 pada usia 70 tahun.